Leurs prédécesseurs avaient choisi d'honorer la naissance du saint, ils s'en distinguent en se référant à la Décollation ; cet emblème orne le sac de couleur noire qu'ils revêtent.
Elle a pour vocation première l'aide morale et matérielle aux prisonniers et obtient ensuite l'autorisation d'assister les condamnés à mort. En 1615 le Pape Clément VIII lui octroie le privilège de délivrer chaque année, le jour anniversaire de la Décollation de Saint Jean Baptiste, un condamné ; droit
En 1983 elle reprit vie sous la nouvelle dénomination de « Confrérie des Pénitents Noirs de la Miséricorde et de la Fidélité » et reçu la Bénédiction Apostolique de Sa Sainteté le Pape Jean-Paul II, le 13 novembre 1985 et celle de Sa Sainteté le Pape Benoît XVI, le 23 Mars 2006
Elle est constituée actuellement d'une trentaine de membre chargés de prier quotidiennement pour les âmes prisonnières du Purgatoire et d'être de fidèles gardiens de la tradition liturgique catholique pour laquelle cette Chapelle a été construite, ordonnée et décorée au XVIIIe siècle.