Origine de la confrérie des Pénitents noirs
      La confrérie des Pénitents Noirs, fondée au XVe siècle, avait pour mission d'assister les prisonniers et les condamnés. Elle disparaît en 1948 avec la mort du dernier confère.
      Les confréries de Pénitents, association de laïcs réunis dans un but charitable, ont connu un essor important dans le Midi et particulièrement en Avignon qui en comptera jusqu'à sept. Celle des Pénitents gris, fondée en 1226 par le roi Louis VIII, est toujours active. Les Pénitents noirs de la Miséricorde sont nés en 1586 d'un démembrement de la confrérie des Pénitents noirs florentins instituée en 1488 : douze frères ayant à leur tête Pompée Catilina, colonel de l'Infanterie pontificale, créent une nouvelle compagnie placée, comme celle dont ils sont issus, sous le vocable de saint Jean-Baptiste. 

    Leurs prédécesseurs avaient choisi d'honorer la naissance du saint, ils s'en distinguent en se référant à la Décollation ; cet emblème orne le sac de couleur noire qu'ils revêtent. 

     Elle a pour vocation première l'aide morale et matérielle aux prisonniers et obtient ensuite l'autorisation d'assister les condamnés à mort. En 1615 le Pape Clément VIII lui octroie le privilège de délivrer chaque année, le jour anniversaire de la Décollation de Saint Jean Baptiste, un condamné ; droit 
étendu par Paul V à tous les jours de l'année. Au XVIII siècle une nouvelle mission lui est confiée : la prise en charge des insensés. En 1792, leur dissolution est prononcée. La chapelle considérée comme une dépendance de l'Hôpital des insensés est alors occupée par les administrateurs civils de l'établissement. 
En 1815, la confrérie se reconstitue, reprend possession de sa chapelle comme locataire, la propriété de celle-ci étant passée au département, et s'éteint en 1948.

      En 1983 elle reprit vie sous la nouvelle dénomination de « Confrérie des Pénitents Noirs de la Miséricorde et de la Fidélité » et reçu la Bénédiction Apostolique de Sa Sainteté le Pape Jean-Paul II, le 13 novembre 1985 et celle de Sa Sainteté le Pape Benoît XVI, le 23 Mars 2006

      Elle est constituée actuellement d'une trentaine de membre chargés de prier quotidiennement pour les âmes prisonnières du Purgatoire et d'être de fidèles gardiens de la tradition liturgique catholique pour laquelle cette Chapelle a été construite, ordonnée et décorée au XVIIIe siècle.